Das Gebäude der Waldmühle wurde ursprünglich nach dem Krieg von der Böhener Familie Wanner als Schule für die Kinder der Weiler um Böhen (damals Landkreis Memmingen) errichtet.

Als in den 70er Jahren der Schulverband Ottobeuren gegründet wurde, stand die Schule Waldmühle leer. Gerade zu dieser Zeit hatte der damalige Jugendseelsorger Pfarrer Johann Wagner die Idee von einem Jugendschulungshaus in der Region Memmingen. Durch intensive Suche nach einem geeigneten Objekt und verschiedene Gespräche wurde er auf die Schule Waldmühle und deren Besitzer, Familie Wanner, aufmerksam. Pfarrer Wagner erläuterte der Familie Wanner sein Konzept für ein Jugendhaus und diese erklärte sich bereit, das Schulgebäude dafür zur Verfügung zu stellen.

Am 12.12.1974 wurde für das geplante Jugendhaus ein Trägerverein gegründet, der sich unter anderem aus engagierten Jugendlichen und kirchlichen Jugendverbänden zusammensetzt. Es folgten die Eintragung in Vereinsregister und die Anerkennung der Gemeinnützigkeit. Dieser Verein bekam die Schule Waldmühle für die Errichtung eines Jugendhauses geschenkt.

Bald danach fanden Umbaumaßnahmen statt, die zum großen Teil von den Jugendlichen selber durchgeführt und auch (z.B. durch Altpapiersammlungen) finanziert wurden.

1978 konnte das Jugendhaus schließlich erfolgreich eröffnet werden.

Weitere Um- bzw. Anbauten folgten 1984 (Umbau der Kapelle zu einem jugendgemäßen Meditations- und Gottesdienstraum) sowie 1990 (Anbau eines Personalwohntraktes).

Noch heute wird das Jugendhaus Waldmühle von diesem Verein getragen. Seit Beginn des Betriebes steht dabei das ehrenamtliche Engagement der Jugendlichen beim Betreiben des Hauses an wichtiger Stelle. So entscheidet der ehrenamtliche Gesamtvorstand monatlich über wichtige Belange und Strategie beim Hausbetrieb, und immer wieder leisten Jugendliche in ihrer Freizeit wertvolle Hilfsarbeiten für das Jugendhaus.